pymol教育版是特定行業(yè)開發(fā)的三維分子模型設(shè)計軟件，軟件提供超級多的小工具去輕松搭建分子模型，便捷的操作，簡單的繪制，自由進行設(shè)計，讓你輕松上手開始學(xué)習(xí)。

pymol官網(wǎng)簡介

PyMOL是一款相當優(yōu)秀的三維分子模型軟件，使用其集成的光線跟蹤圖形技術(shù)，它可以渲染具有更平滑的表面邊界，增強的陰影和反射效果的3D分子結(jié)構(gòu)。軟件支持多種圖像格式，包括PDB，SDF和電子密度圖，便捷的操作方式加上適合于各種不同的操作系統(tǒng)更有強大的兼容里更新以及全面的繪圖等你來加入。

軟件特色

自定義完成對腳本的支持

并且對原來的接口進行取代

而且該軟件的接口可以對TCL、TK的平臺上使用

分布的方式比較的直觀，讓用戶可以清晰的查看到您需要的內(nèi)容

兼容性比較的強，對各種第三方的插件支持

軟件優(yōu)勢

借助此分子可視化系統(tǒng)，可以以3D模式對蛋白質(zhì)，其密度，軌跡和表面進行細微分析

原生視網(wǎng)膜分辨率/ 4k顯示支持

新的APBS插件面板

pymolrc腳本編輯器，突出顯示語法

?？?取消停靠并重新排列某些面板(生成器，反饋瀏覽器，音量編輯器)

支持觸控板手勢(捏放大/縮小，z旋轉(zhuǎn))

用于打開MAE文件，MTZ文件，地圖和軌跡文件的專用對話框

pymol安裝教程

Window系統(tǒng)的pymol運行需要依賴python環(huán)境，PMW模塊。

而Pymol的安裝是通過一個python包（Python Wheels）安裝的，因此在開始之前，我們需要根據(jù)系統(tǒng)的位數(shù)（32位還是64位）以及python的版本來選擇pymol包進行下載。

比方說，系統(tǒng)是windows 64位，系統(tǒng)中有python 3.7（或者打算安裝python 3.7），那么我們就可以有2個選擇，可以選擇下載pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl或者pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，對應(yīng)的版本分別是pymol 2.3和pymol 2.4.

如果有更新的pymol包，可以到這個網(wǎng)址進行查看：https://www.python.org/

安裝python環(huán)境

1、如果系統(tǒng)中已經(jīng)有了python環(huán)境，則跳過這一步。可以通過命令行：python –V來查看python的版本號。

2、進入python官網(wǎng)下載windows版的安裝包，網(wǎng)址：https://www.python.org/downloads/

3、注意的是下載的安裝包要和windows系統(tǒng)位數(shù)對應(yīng)，x86對應(yīng)的是32位系統(tǒng)；x86-64對應(yīng)的是64位系統(tǒng)，我們就以python 3.7為例，由于我們的系統(tǒng)是64位的，4、所以下載的安裝包為：Windows x86-64 executable installer

5、下載完成后，雙擊進行安裝，記得勾選上Add Python to environment variables，不然后續(xù)命令行操作會出現(xiàn)問題。

6、如果安裝成功，Win+R，cmd進入命令行，鍵入python –V就可以看到python的版本號，同時也說明安裝成功。如果報錯“python不是內(nèi)部或外部命令，也不是可運行的程序或批處理文件。”那么說明python的地址沒有加入環(huán)境變量。

安裝PMW

命令行鍵入：python -m pip install pmw

提示說成功安裝pmw，Successfully installed pmw-2.0.1

下載并安裝pymol包

根據(jù)系統(tǒng)位數(shù)和python版本選擇某個pymol包進行下載，放在某個磁盤根目錄。在這里，我們選擇安裝pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，并放在D:/根目錄。

命令行下，將盤符切換到D:盤，鍵入命令：python -m pip  install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl

提示安裝成功

找到pymol主程序的位置

本文中pymol的主程序地址為：C:\Users\Python37\Scripts\pymol.exe

其中紅色背景部分應(yīng)該會與不同電腦設(shè)置及python版本相一致。