pymol教育版是特定行業(yè)開發(fā)的三維分子模型設(shè)計(jì)軟件，軟件提供超級(jí)多的小工具去輕松搭建分子模型，便捷的操作，簡單的繪制，自由進(jìn)行設(shè)計(jì)，讓你輕松上手開始學(xué)習(xí)。

pymol官網(wǎng)簡介

PyMOL是一款相當(dāng)優(yōu)秀的三維分子模型軟件，使用其集成的光線跟蹤圖形技術(shù)，它可以渲染具有更平滑的表面邊界，增強(qiáng)的陰影和反射效果的3D分子結(jié)構(gòu)。軟件支持多種圖像格式，包括PDB，SDF和電子密度圖，便捷的操作方式加上適合于各種不同的操作系統(tǒng)更有強(qiáng)大的兼容里更新以及全面的繪圖等你來加入。

軟件特色

自定義完成對(duì)腳本的支持

并且對(duì)原來的接口進(jìn)行取代

而且該軟件的接口可以對(duì)TCL、TK的平臺(tái)上使用

分布的方式比較的直觀，讓用戶可以清晰的查看到您需要的內(nèi)容

兼容性比較的強(qiáng)，對(duì)各種第三方的插件支持

軟件優(yōu)勢(shì)

借助此分子可視化系統(tǒng)，可以以3D模式對(duì)蛋白質(zhì)，其密度，軌跡和表面進(jìn)行細(xì)微分析

原生視網(wǎng)膜分辨率/ 4k顯示支持

新的APBS插件面板

pymolrc腳本編輯器，突出顯示語法

停靠/取消?？坎⒅匦屡帕心承┟姘?生成器，反饋瀏覽器，音量編輯器)

支持觸控板手勢(shì)(捏放大/縮小，z旋轉(zhuǎn))

用于打開MAE文件，MTZ文件，地圖和軌跡文件的專用對(duì)話框

pymol安裝教程

Window系統(tǒng)的pymol運(yùn)行需要依賴python環(huán)境，PMW模塊。

而Pymol的安裝是通過一個(gè)python包（Python Wheels）安裝的，因此在開始之前，我們需要根據(jù)系統(tǒng)的位數(shù)（32位還是64位）以及python的版本來選擇pymol包進(jìn)行下載。

比方說，系統(tǒng)是windows 64位，系統(tǒng)中有python 3.7（或者打算安裝python 3.7），那么我們就可以有2個(gè)選擇，可以選擇下載pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl或者pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，對(duì)應(yīng)的版本分別是pymol 2.3和pymol 2.4.

如果有更新的pymol包，可以到這個(gè)網(wǎng)址進(jìn)行查看：https://www.python.org/

安裝python環(huán)境

1、如果系統(tǒng)中已經(jīng)有了python環(huán)境，則跳過這一步?？梢酝ㄟ^命令行：python –V來查看python的版本號(hào)。

2、進(jìn)入python官網(wǎng)下載windows版的安裝包，網(wǎng)址：https://www.python.org/downloads/

3、注意的是下載的安裝包要和windows系統(tǒng)位數(shù)對(duì)應(yīng)，x86對(duì)應(yīng)的是32位系統(tǒng)；x86-64對(duì)應(yīng)的是64位系統(tǒng)，我們就以python 3.7為例，由于我們的系統(tǒng)是64位的，4、所以下載的安裝包為：Windows x86-64 executable installer

5、下載完成后，雙擊進(jìn)行安裝，記得勾選上Add Python to environment variables，不然后續(xù)命令行操作會(huì)出現(xiàn)問題。

6、如果安裝成功，Win+R，cmd進(jìn)入命令行，鍵入python –V就可以看到python的版本號(hào)，同時(shí)也說明安裝成功。如果報(bào)錯(cuò)“python不是內(nèi)部或外部命令，也不是可運(yùn)行的程序或批處理文件?！蹦敲凑f明python的地址沒有加入環(huán)境變量。

安裝PMW

命令行鍵入：python -m pip install pmw

提示說成功安裝pmw，Successfully installed pmw-2.0.1

下載并安裝pymol包

根據(jù)系統(tǒng)位數(shù)和python版本選擇某個(gè)pymol包進(jìn)行下載，放在某個(gè)磁盤根目錄。在這里，我們選擇安裝pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，并放在D:/根目錄。

命令行下，將盤符切換到D:盤，鍵入命令：python -m pip  install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl

提示安裝成功

找到pymol主程序的位置

本文中pymol的主程序地址為：C:\Users\Python37\Scripts\pymol.exe

其中紅色背景部分應(yīng)該會(huì)與不同電腦設(shè)置及python版本相一致。